Sur décret du président de la République, Mme Simone Bonnafous, inspectrice générale de l’éducation, du sport et de la recherche de 1re classe, a été nommée en Conseil des ministres, le 5 février 2020, rectrice déléguée pour l’enseignement supérieur, la recherche et l’innovation de la région académique Île-de-France.

Ancienne élève de l’École normale supérieure de lettres (1975-1980) et agrégée de grammaire (1978), elle obtient en 1980 une thèse de troisième cycle parue en 1983 sous le titre « Processus discursifs et structures lexicales : le congrès de Metz (1979) du Parti Socialiste », suivie en 1990 d’une thèse d’État parue sous le titre « L’immigration prise aux mots ».

Recrutée dès 1980 par l’université Paris-XII – actuellement université Paris-Est-Créteil, UPEC – en tant que maître de conférences en expression et communication, elle y exerce diverses responsabilités.
En 1991, assesseure à la communication au sein de l’équipe de direction de l’université, elle y créée le service de communication avant de cofonder, en 1992, puis diriger jusqu’en 1999 le département de communication politique et publique. En janvier de la même année, elle y fonde puis dirige jusqu’en 2008 une équipe de recherche interdisciplinaire intitulée : « Centre d’Études des discours, Images, Textes, Écrits et Communication » (CEDITEC).
Directrice de l’UFR des Lettres et Sciences Humaines de 1999 à 2005, elle est élue présidente de l’UPEC en février 2006, qu’elle dirige jusqu’en mars 2012.

Parallèlement à sa présidence de l’UPEC, Simone Bonnafous est, de décembre 2008 à décembre 2010, vice-présidente de la Conférence des Présidents d’Université (CPU).

En 2012, Simone Bonnafous est nommée directrice générale de l’enseignement supérieur et de l’insertion professionnelle (DGESIP) au ministère de l’enseignement supérieur et de la recherche, où elle met notamment en œuvre la loi ESR de juillet 2013, fonction qu’elle occupe jusqu’en avril 2017, date à laquelle elle est nommée inspectrice générale de l’administration de l’éducation nationale et de la recherche (IGAENR – aujourd’hui IGÉSR). A ce titre, elle est chargée d’une mission de préparation de la conférence ministérielle de Paris de l’espace européen de l’enseignement supérieur (de septembre 2017 à mai 2018), d’une mission pour la préfiguration et la mise en œuvre de l’Université Franco-Tunisienne pour l’Afrique et la Méditerranée (depuis avril 2019) et est nommée administratrice provisoire d’Aix-Marseille Université (de septembre 2019 à janvier 2020).